システム部の稲葉です。
NetBeansで一つのプロジェクトで複数の実行方法を切り替えて使う方法がわからなくて微妙に悩んでました。
引数を変えて実行する場合や、一つのプロジェクトの中にWebアプリとコンソールアプリを同居させたりした場合でも、デバッガは使いたいですからね！
やり方はこんな感じでそんなに難しく考える必要がなかったです。
プロジェクト・プロパティの実行構成で新規をクリック
構成名は自分でわかりやすいように適当につけて
後は実行方法等を変えていくだけ
作ってしまえば切り替えるのは簡単で、ツールバー上のコンボボックスからいけます。 
